Кроме того, бессмысленно рассматривать данный проект независимо от общей ситуации в отечественной науке. Нет сомнения в том, что развертывание в России исследований по вышеназванным направлениям абсолютно необходимо. В 2007–2008 гг. вопрос стоял только в том, как лучше это делать практически: интенсивным путем за счет увеличения инвестиций в уже имеющиеся в стране научные центры или же экстенсивным путем, направляя основные ресурсы в создание новых. Идея возведения даже одного, тем более супернового научного центра на пустом месте имеет свои плюсы, но простые расчеты показывают, что в таком случае основные строительные работы займут в лучшем случае от 3 до 7 лет, а для формирования научной среды, способной производить в достаточных объемах конкурентоспособный продукт, потребуется не менее 10–15 лет. Потому «отдача» инвестиций в данный проект возможна лишь в довольно отдаленном будущем. Причем, учитывая острый недостаток необходимых материально-финансовых ресурсов, такое решение приводит к существенному ухудшению условий деятельности множества других научных центров. Так, в 2009 году финансирование из федерального бюджета 14 научных центров, имеющих официальный статус наукоградов, составило из федерального бюджета 1,5 млрд руб., а в 2010 году было сокращено в 3 раза. «Сколково» же в том же году вместо первоначально намеченных 4 млрд получило из госбюджета 15 млрд рублей. Его годовой бюджет в 2012 г. оказался больше, чем Сибирского, Уральского и Дальне-Восточного отделений РАН, вместе взятых. Столь крутой финансовый перекос, вне зависимости от будущей эффективности сколковского проекта, представляет явный просчет в стратегии развития российской науки, ибо является проигрышем в факторе времени, имеющем сегодня решающее значение не только с точки зрения конкурентоспособности России, но и обеспечения ее суверенитета.
Д. А. Медведев в защиту своего проекта любит ссылаться на опыт создания Кремниевой долины США. Академик Б. Е. Черток и многие другие известные ученые указывали, что такая «долина» в России уже есть — это Зеленоград, кремниевая электроника которого до сих используется в отечественной космической технике. Поэтому миллиарды, вкладываемые в неведомое Сколково, во всех отношениях было бы гораздо эффективнее направлять на развитие Зеленограда, а также других научных центров, давно и весьма успешно работающих по всем направлениям, которые планируются во вновь создаваемом центре.
Наряду с Попечительским советом и Советом фонда в структуре управления учрежден Научно-консультативный совет (НКС) из весьма авторитетных ученых, сопредседателями которого были приглашены нобелевские лауреаты Ж. Алферов и Р. Корнберг (США). «Однако, — рассказывает Ж. И. Алферов, — Попечительский совет и Совет фонда “Сколково” обходились не только без нас, сопредседателей НКС, но и вообще без высококвалифицированных и реально работающих ученых. …С самого начала возникли сомнения: не пиар ли это и новый способ “распиливать” выделяемые государством средства, которые усилились “по мере участия в работе”, точнее, по мере мягкого недопущения участия в ней. Как тут было не вспомнить, что мне сказал один из самых уважаемых людей в стране, академик Е. М. Примаков после моего согласия стать сопредседателем НКС: “Жорес, они просто используют тебя как декорацию”».
Сомнения подтверждают многочисленные проверки по линии СКР, ФСБ и Счетной палаты РФ, которые постоянно выявляют хищения и нецелевые использования госбюджетных средств. Топ-менеджеры установили себе ежемесячные оклады по 600 тысяч руб. и выше, например у Вексельберга он составлял 2 млн рублей. В начале 2013 г. было выявлено, что 3,5 млрд рублей, «прокручивались» через частный банк вексельберговской корпорации «Ренова». Бюджетные деньги использовались также для финансирования «Болотной» оппозиции и Массачусетского технологического института.
По итогам проверок возбуждались уголовные дела на вице-президента фонда «Сколково» А. Бельтюкова, главу финансового департамента фонда К. Луговцова и на ряд других высших должностных лиц, но пока все они глушатся на уровне Правительства РФ. Независимый экономист Н. Вардуль пишет, что «Сколково» в кулуарах правительства заслуженно называют «Скольково». По сути дела, к такому же выводу пришел заместитель директора Института прикладной математики РАН Г. Малинецкий: «Чиновничий аппарат РФ, вливая миллиарды в еще (или уже) не существующие отрасли, просто-напросто собирается разворовывать их под патриотическим предлогом, под прикрытием плана “большого рывка”».
Бюджетные средства в сумме более 24 млн рублей, перечисленные фонду и перенаправленные в «дочку» — ООО «ТФК “Сколково”», вкладывались в улучшение имущества третьих лиц, аффилированных с руководителем финансового департамента фонда Кирилла Луговцева. За 2011 год «Сколково» было перечислено ООО «ТФК “Сколково”» 125 млн рублей, из которых фактически израсходовано 65 млн рублей, в основном на ее содержание. При этом деятельность, для осуществления которой создана компания (возмещение таможенных платежей участникам проекта и оказание им услуг таможенного представителя), в 2011 году не осуществлялась. ООО «ТФК “Сколково”» заключило договор аренды помещения площадью 167 кв. м с ООО «Ника» (фирма, аффилированная с руководителем финансового департамента фонда Луговцевым), расходы по которому составили 20,8 млн рублей. Кроме того, между ООО «ТФК “Сколково”» и ООО «Бау Форвард» был заключен договор подряда на выполнение ремонтно-строительных работ офисных помещений, арендуемых ООО «ТФК “Сколково”» у ООО «Ника» на сумму 3,8 млн рублей. Также были нарушения в виде отсутствия до 10 августа 2012 года реестра договоров, заключенных фондом, отсутствия в большинстве структурных подразделений утвержденных положений о них, нет штатного расписания и приказа о его утверждении, а также коллективного договора, должностных инструкций работников фонда, соглашения или единого локального нормативного акта, устанавливающего систему оплаты труда работников. Средняя зарплата к 500 тысячам рублей почти в 14 раз выше средней по России. Но от этого посредственности и проходимцы талантливыми учеными не делаются. На зарплаты сотрудников «Сколково» ушло почти в 2 раза больше бюджетных денег, чем на все гранты для поддержки проектов. Этих вопиющих фактыхов в медведевской вотчине ни Минобрнауки, ни Минфин почему-то «не замечают».